En 52 avant JC, Alésia est l'oppidum d'un petit peuple gaulois (les Mandubiens, voisins des Eduens et des Lingons). C'est ici qu'en cette même année de 52, César assiège Vercingétorix et son armée. Il repousse la tentative de l'armée de secours de la coalition gauloise et reçoit alors la reddition du chef arverne. La localisation de ce site a longtemps été controversée. Toutefois, les fouilles récentes semblent confirmer l'hypothèse du Mont-Auxois à Alise-Sainte-Reine. Ces fouilles démontrent clairement que l'oppidum était un important centre sidérurgique, composé pour l'essentiel par des forgerons et des bronziers.
Diodore de Sicile nous fournit une étrange légende concernant la fondation de la ville par Héraclés.
Diodore de Sicile, Bibliothèque historique, IV, 19: "Héraclès [...] bâtit une grande ville, - celle qui, en raison de sa course errante en cette guerre, est nommée Alésia. Il mêla même à ses citoyens beaucoup de gens du pays, mais comme ces derniers l'emportaient en nombre, il arriva que tous les habitants tombèrent dans la barbarie. Les Celtes jusqu'à ces temps-ci ont en honneur cette ville qui est pour eux le foyer et la métropole de toute la Celtique. Tout le temps depuis Héraclès jusqu'à nos jours, elle demeura libre, et ne fut jamais mise à sac. Mais enfin Gaius César, celui qui, à cause de la grandeur de ses actions, a été appelé dieu, la prit de vive force, et, comme le reste des Celtes, elle fut contrainte de se soumettre aux Romains."